Desain Primer Berbasis In-Silico Dengan Sekuen Gen Internal Transcribed Spacer (ITS) Morus alba L

Abstract

Mulberry (M. alba L.) adalah tanaman yang memiliki manfaat di bidang pengobatan, pangan, dan pakan hewan. Marka molekuler dibutuhkan dalam pengujian secara in-silico untuk pemuliaan tanaman M. alba. Pengujian sekuen gen ITS M. alba secara in-silico dilakukan untuk mendeteksi, menentukan, dan mengidentifikasi daerah amplifikasi yang tepat untuk desain primer. Fokus penelitian ini adalah merancang sekuen gen ITS M. alba secara in-silico dengan memilih pasangan basa yang akan digunakan sebagai sampel, sehingga dapat menghasilkan struktur desain primer yang optimal. Jenis penelitian ini bersifat deskriptif eksploratif, sekuen gen ITS M. alba diperoleh melalui platform NCBI. Proses perancangan primer dilaksanakan dengan memanfaatkan perangkat lunak BioEdit, situs NCBI Primer-BLAST, software Snapgene, serta situs uMelt dan Mfold. Primer yang memiliki kriteria pada penelitian ini adalah pada primer pair 6 terdiri dari primer 5’-TGGGCGTCAAACACCGAT-3’, yang memiliki persentase GC sebesar 56% dan suhu leleh (Tm) 58°C untuk primer forward. Sedangkan primer 5’-GAGTGTGGGGGTCGGATGAT-3’ sebagai primer reverse memiliki persentase GC sebesar 60% dan Tm 60°C, dengan daerah amplikon sepanjang 80 bp. Untuk primer pair 9, primer forward 5’-GTGACAGGTGGT-3’ memiliki persentase GC 55% dan Tm 60°C, sementara primer reverse 5’-CCGTTTGGGTGCCTCTGATG-3’ memiliki persentase GC 60% dan Tm 60°C, dengan daerah amplikon sepanjang 111 bp. Hasil analisis uMelt menunjukkan kurva leleh sebesar 93°C dan 94°C. Selain itu, analisis Mfold menunjukkan adanya primer dimer dan struktur hairpin pada panjang basa.