Hubungan Kekerabatan Rana Berdasarkan Gen cyt b Berbasis In Silico sebagai Bukti Adanya Evolusi Molekuler

Nadya Ismi Putri  Triesita; Ika Hanifatul  Masruroh; Sulistiono Sulistiono; Agus Muji  Santoso

doi:10.29407/hayati.v6i1.643

Authors

Nadya Ismi Putri Triesita Universitas Nusantara PGRI Kediri
Ika Hanifatul Masruroh Universitas Nusantara PGRI Kediri
Sulistiono Sulistiono Universitas Nusantara PGRI Kediri
Agus Muji Santoso Universitas Nusantara PGRI Kediri

DOI:

https://doi.org/10.29407/hayati.v6i1.643

Keywords:

kekerabatan, Rana, gen cyt b, in silico, evolusi molekuler

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui hubungan kekerabatan Rana dengan menggunakan sekuen gen cyt b berbasis in silico dalam bentuk pohon filogeni. Metode penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif eksploratif dengan mengunduh data gen cyt b Rana dari Genbank kemudian dipreparasi dengan menggunakan BioEdit dan aplikasi Mega6 untuk mengkonstruksi pohon filogeni. Hasil inventarisasi diperoleh enam sampel Rana dari Genbank yaitu R. dybowskii, R. chensinensis, R. huanrensis, R. omeimontis, R. kukunoris, dan R. chaochiaoensis. Terdapat perbedaan urutan basa nukleotida akibat adanya mutasi gen. Pohon filogeni menunjukkan adanya hubungan kekerabatan yang dekat antara keenam sampel yang membentuk dua klaster besar yaitu R. chensinensis, R. kukunoris dan R. huanrensis dalam klaster A; R. omeimontis dan R. chaochiaoensis dalam klaster B; dan R. dybowskii membentuk out grup/ kelompok luar padahal keenam sampel memiliki genus yang sama. Hal tersebut membuktikan adanya perbedaan sekuen gen cyt b yang dipengaruhi oleh beberapa faktor internal dan eksternal. Harapannya penelitinan ini dapat menunjukkan bukti adanya evolusi molekuler pada tingkat gen dari beberapa spesies dalam genus yang sama.

Downloads

Download data is not yet available.

References

Dong. B., Zhou. Y., Yang. B. 2015. The Complete Mitochondrial Genome of the Rana huanrensis (Anura: Ranidae). Shenyang: Shenyang Normal University. The Journal of DNA Mapping, Sequencing, and Analysis.

Hall. T.A. 1999. BioEdit: A User-Friendly Biological Sequence Alignment Editor and Analysis Program for Windows. Carolina: North Carolina University USA. Jurnal Nucleic Acids Symposium Series. 41: 95-98.

Li. J., Lei. G., Fu. C. 2014. Complete Mitochondrial Genomes of Two Brown Frogs,Rana dybowskii and Rana cf. chensinensis (Anura: Ranidae). Shanghai: Fudan University. Jurnal Informa Health Care.

Nesty. R., Tjong. D.H., Herwina. H. 2013. Variasi Morfometrik Kodok Duttaphrynus melanostictus (Schneider, 1799) (Anura: Bufonidae) di Sumatera Barat yang Dipisahkan oleh Bukit Barisan. Jurnal Biologi Universtas Andalas. 2 (1): 37-42.

Nur. A., Syahruddin. K. 2016. Gandum: Peluang Pengembangan di Indonesia Aplikasi Teknologi Mutasi dalam Pembentukan Varietas Gandum Tropis. Jakarta: Indonesian Agency for Agricultural Research and Development.

Tamura. K., Stecher. G., Peterson. D., Filipski. A., Kumar. S. 2013. Mega6: Molecular Evolutionary

Genetics Analysis Version 6.0. Hachioji: Tokyo Metropolitan University Japan. Jurnal Mol. Bio. Evol. 30(12): 2725-2729.

Wati. M., Tjong. D.H. Saifullah. 2013. Studi Fenetik Katak Rana nicobariensis Stoliczka, 1870 (Ranidae) di Pulau Siberut dan Daerah Dataran Rendah Sumatera Barat. Padang: STKIP PGRI Sumatera Barat Padang. Prosiding Semirata FMIPA Universitas Lampung.

Widayanti. R. 2006. Kajian Penanda Genetik Gen Cytochrome B dan Daerah D-Loop pada Tarsius sp. Bogor: Institut Pertanian Bogor. Disertasi.

Zhou. Y., Wang. S., Zhu. H., Li. P., Yang. B., Ma. J. 2017. Phylogeny and biogeography of outh Chinese brown frogs (Ranidae, Anura). Harbin: Northeast Forestry University. Jurnal PLoSONE. 12(4): e0175113.